A klímaberendezések tisztításának és fertőtlenítésének elmaradása miatt atkák, penészgombák spóráinak milliói, por, és még számos allergén anyag kerülhet nagy koncentrációban a helyiség levegőjébe, és gondosan elkeverve. Ezek az ártalmak megelőzhetők, amennyiben a készülék atkaszűrővel és porfogóval ellátott, és ezeknek az alkatrészeknek a megfelelő állapotáról is rendszeresen gondoskodunk.
A fertőtlenítést bízzuk szakemberre
A berendezések egyes részeinek tisztítása házilag is elvégezhető, ám a fertőtlenítést célszerű klímatechnikai szakemberre bízni olyan időközönként, ahogy az, az adott típus használati utasításában szerepel. A legtöbb esetben a beltéri egység elülső burkoló panele egyszerűen lekapcsolható, vagy felnyitható. Mivel ennek e légterelő lamelláin általában por rakódik le, azt enyhén nedves, tisztítószeres ronggyal kell letörölni, majd száradás után visszahelyezni. Ennek portalanítására 40 °C-nál magasabb hőmérsékletű vizet ne használjunk, mert az a panel elszíneződéséhez, rosszabb esetben deformálódásához vezethet.
A légszűrő portalanítását porszívóval, vagy melegvizes öblítéssel, majd ezt követő szárítással oldhatjuk meg. Visszahelyezésekor vigyázzunk arra, hogy ne fordítva, hanem a front felirattal kifelé helyezzük vissza a készülékbe.
A gépkocsi klímájáról se feledkezzünk meg!
Az autóklíma karbantartásakor is tartsuk szem előtt a gyártó ezzel kapcsolatos utasításait. A szűrő tisztítását és fertőtlenítését célszerű így, a szezon kezdete előtt elvégeztetni, majd legkésőbb ezt 15 ezer megtett kilométer után megismételni. A pollenszűrő cseréje is egészségünk érdekében évente legalább egyszer, és 10 ezer kilométerenként esedékes. A szárítószűrőt 70 ezer kilométerenként, vagy négyévente, az ékszíjat pedig 30 ezer kilométerenként ajánlott újra cserélni.
Az épületgépész kór
A nem megfelelően karbantartott légkondicionáló berendezés okozta egészségkárosító hatások és fertőzések között legveszélyesebb az épületgépész kór. A baktérium nemzetség (Legionella) latin, tudományos neve 1976-ból ered, amikor az Amerikai Legionáriusok szervezet rendezvényén járvány tört ki, és 182 veterán betegedett meg. Többségük kórházba került, de még így is 30-an meghaltak közülük. Először terrorcselekményre gyanakodtak az ügy vizsgálata során, ám egy éven belül sikerült azonosítani a baj okozóját, egy addig ismeretlen baktériumot, amely a résztvevők tüdőgyulladásos megbetegedését okozták. A veterán 
légiósokra utalva a baktériumot Legionella pneumophila-nak nevezték el. Napjainkra e baktérium csoportnak már több mint 40 tagját fedezték fel.
E baktériumok vizes környezetben mindenütt előfordulhatnak. Mivel sejtfaluk rendkívül ellenálló, így a vízművekben alkalmazott fertőtlenítési eljárások nagy része hatástalan ellenük. Bőrre, sebbe jutva, vagy lenyelve őket nem kell tartani a fertőződéstől, csak és kizárólag úgy, ha a tüdőbe jutnak. Mivel csak vizes környezetben életképesek, ezért a fertőzés egyedüli lehetséges módja az aeroszol méretű, parányi vízcseppek belélegzése lehet, amelyek tartalmazzák e baktériumokat.
E kórokozók lassú szaporodása miatt a tüdőbe jutott baktériumok hosszú lappangási idő után okoznak csak tüneteket. Ezek kezdetben az influenzához hasonlóak: izomfájdalom, láz, fejfájás. Később a testhőmérséklet további emelkedése mellett, tüdőgyulladás, száraz köhögés, tudatzavar és emésztőrendszeri problémák társulhatnak. A betegség csak intravénásan beadott antibiotikumos kezeléssel gyógyítható.
A klímaberendezések egy másik veszélyforrást is rejtenek: amennyiben helytelenül állítjuk be a hőfokot, könnyen lehet arcüreg-, tüdőgyulladást kapni vagy megfázni. Ezért ne állítsuk olyan alacsonyra a hőfokot, hogy szinte fázzunk, mert e nagy hőingadozást a szervezet nehezen tolerálja. Fontos, hogy a beltéri egység kifúvó nyílása ne fújja közvetlenül a hideg levegőt senkire. Ne irányuljon ágyra, fotelra, székre. Legjobb, ha a hideget egy semleges térbe, nagy méretű nappaliba, előszobába fújja be, és onnan terül szét a lakásba.