Elszaporodó gombák és baktériumok
A legnagyobb veszélyt az elhanyagolt szűrőben elszaporodó gombák, és baktériumok jelentik, ezért nagyon fontos a rendszerben lévő levegőszűrök állapota. Ha a szűrőt nem takarítják, idővel nem cserélik, akkor a szűrő túltelítődik porral (és minden egyéb szennyezővel), és ez a közeg kiváló táptalaja a gombáknak és egyéb allergiát okozó biológiai szennyezőknek. A levegőszűrőt rendszeresen karbantartani és meghatározott időnként cserélni kell, ha ez nem történik meg, akkor a szellőztető rendszer nem tudja ellátni a feladatát.
A hővisszanyerőben két szűrő található, az egyik a gépbe érkező külső levegőt szűri (ez a friss levegő szűrő), a másik a lakásból érkező elhasznált levegőt szűri, mielőtt a gépbe érne. Előbbinek a gép hőcserélőjének a megóvásán túl komfort és higiéniai szerepe van, az utóbbi kizárólag a gép védelme miatt van beépítve. A legtöbb gyártó G4 finomságú szűrőkkel kínálja a gépeit. Ennél finomabb, akár a pollenszemeket is összegyűjtő, F7 finomságú szűrő általában külön vásárolható a gépekhez. Lehetőség van a levegő további szűrésére, a friss levegő ágba épített szűrődoboz és nagy felületű szűrő beszerelésével. Lehet az elszívási pontokban is szűrőt elhelyezni, ezek a szűrők a légcsatornát védik az elpiszkolódástól.
A komolyabb tudású hővisszanyerő gépek kijelzik, amikor a szűrő karbantartásra szorul. Ez a jelzés megjelenhet a gép saját kijelzőjén, akár a gép lakótérben elhelyezett kijelző-kezelőjén, de akár okostelefonon is. A legtöbb gyári ajánlás szerint a szűrő porszívóval kétszer takarítható, harmadik alkalommal új szűrőt kell beépíteni. A szűrő cseréjét a lakó végzi, a komolyabb tudású gépeken ez gyors és minden hibalehetőséget kizáró művelet, nem több mint egy perc. A régi szűrő nagyon sok piszkot tart magában, csak zárt csomagolásban dobjuk a háztartási hulladékba.
A legnagyobb körültekintéssel végzett szűrőcserék esetén is, néhány év után esedékessé válhat a légcsatorna rendszer teljes takarítása. Ezt a műveletet a hővisszanyerő gép nagytakarításával együtt szokták elvégezni. Ez a szakszerviz feladata.
A finomabb szűrők, és az aktív szén szűrő is jelentős akadályt jelent az áramló levegő számára. A gép ventilátorainak ezt az akadályt le kell győzniük, ehhez pedig magasabb fordulatszámon kell működniük. Egy helyesen méretezett hővisszanyerő gép ventilátora kb. 60-70% fordulatszám tartományban üzemel, ekkor optimális a levegő mennyiség, a zajszint és az elektromos fogyasztás. Ha a lakó úgy dönt, hogy szellőztető rendszerét utólagosan szűrőkkel látja el, felmerülhet annak a veszélye, hogy a korábban kisebb ellenállásra kiválasztott szellőztetőgép már csak 90% vagy nagyobb fordulaton képes legyőzni a szűrők miatt megnövekedett ellenállást. Ez nagyobb zajszintet és nagyobb fogyasztást eredményezhet.